교육인적자원부는 지난 97년 10월 과열입시경쟁을 막겠다는 의도로 고교 3년생을 제외한 중·고교 모든 학년에 보충수업과 자율학습을 금지시켰다．
이에 따라 각 학생들은 살인적인 수업부담에서 벗어나 방과후 시간을 활용하여 특기·적성교육이나 취미생활 등 학생 자신들의 능력개발에 많은 도움을 주었다는 긍정적인 평가를 받아 왔다．
그러나 일부에서 학생들의 학력신장에 비현실적인 정책이라는 논란이 일자 교육부는 지난해 1월 ‘2001년 특기 적성교육활동 운영계획’을 마련，교과목외의 다양한 강좌를 운영토록 지시했다．
하지만 시행 1년만에 특기·적성교육이 보충수업으로 변질돼 시행되자 교육부는 일선 시도교육청에 2002년 3월 새학기부터 보충수업과 자율학습 실시권한을 시도교육장에게 위임，사실상 자율학습을 허용해 각 학교별로 실시되고 있다．
교육부와 충북도교육청은 시행전 「학교측은 자율학습 장소와 시설은 제공하되 반 강제적이고 획일적인 자율학습은 금지한다」，「자율학습은 원하는 학생에 한해 자율적으로 실시해야 한다」는 공문을 전달한바 있다．
그러나 일선 학교에는 「학교의 위신과 체면，성적향상」을 내세워 전 학생들이 방과후 오후 6시부터 10시까지 반 의무적으로 자율학습이 이뤄져 고교 교실이 「대학 입시 양성소」로 변질되면서 인성교육은 무너지고 있다고 비판하고 있다．
특히 학생과 교사 모두에게 살인적인 수업부담을 안겨 학생들에게 인성교육을 시키지 못하고 교사들에게 질높은 수업을 위한 연구 시간 확보를 어렵게 한다고 지적하고 있다．
또 자율수업은 학생들의 수준과 무관하게 획일적으로 이뤄지고 특히 자율학습은 반강제적으로 실시돼 교육적 논의조차 불가능하게 만들고 있는 만큼 현행 자율학습은 전면 재조정돼야 한다는 주장이다．
이에반해 대학입시 제도가 존재하는 현실에서 타 시도에 비해 열악한 교육여건을 감안，자율학습을 인정해야 한다는 주장도 만만치 않다．
일부측에서는 좋은 대학에 진학하기 위해서는 유일한 실력 향상 방안이라며 충북의 저조한 대학 진학률과 수능 성적을 감안하면 자율학습은 필요불가결한 사항으로 사교육비 절감차원에서도 많은 도움을 줄 것이라고 밝히고 있다．
이같은 논란은 학교의 특성상 학생들에게 필요한 경우 학습장소를 충분히 제공해주어야 한다는 측면에서 자율학습의 필요성은 인정되나 그러나 5년전에 폐지되었던 제도를 다시 부활했다는 점은 0교시 등교 폐지 여론 등 급변하는 사회현실은 감안하지 않은 교육행정이라 아니할 수 없다．
따라서 각 학교는 원래 취지대로 원하는 학생들에 대해 자율학습을 실시토록 하는 등 나름대로 제도를 보완하여 희망자에 한해 추진하는 것이 바람직하다고 본다．