지방자치단체장 쟁점화 문제
현재 자치단체간 주요 쟁점으로는 국가계획의 적합성문제를 비롯해 건설비용및 기술적인 측면， 지역균형발전및 서해안 개발측면， 교통수요 측면， 이용승객 편의성문제， 환경보전및 문화재분포등을 들수 있다．
충남지역에서 천안분기의 당위성을 주장하는 첫번째 이유로는 국가계획의 적합성 측면에서 日字型고속철도망의 구축을 주장하고 있다．
日字型 고속철도망 구축이란 경부고속철도와 동서고속철도를 중심으로 서해안， 동해안， 남해안 고속철도망을 통해 21세기 통일시대에 대비해야 한다는 아시아대륙 물류기반구축 구상을 근간으로 하고 있다．
그러나 충북도는 호남권에서 중부권을 거쳐 수도권으로 통해 영-호남을 연결하고 충북선을 활용， 강원권을 동시에 연결하기 위해서는 日字型 보다는 「X-字型」간선철도망 체계를 구축하는 것이 바람직하다는 주장을 하고 있다．
경제성 측면은 충남지역에서는 교통개발연구원의 분석자료를 제시하며 천안분기가 고속철도의 기능과 건설비용， 승객운임및 기회비용등을 고려할때 가장 경제적이라고 주장하고 있지만 충북도는 교통개발연구원의 분석 자체가 잘못된 것이라고 반박하고 있다．
충북도는 기존 경부고속철도를 오송까지 공유하고 분기점부터 신규 노선으로 건설하면 천안에 비해 건설비용이 3천8백억원이나 절감되고 승객수요도 2010년 기준으로 11만5천명이 더 많다는 일부 대학에서 연구한 자료를 제시하고 있다．
환경보전및 문화재 측면에서 볼때 충남지역은 천안 직결노선이 오송분기 노선보다 백제문화유적ㆍ계룡산국립공원보전， 국방중추시설인 계룡대 보안유지등에 이점을 보이고 있다고 주장하고 있다．
지난 2차 설명회 자료를 보면 환경분야나 광산분야는 비슷한 수준을 보였지만 노선으로부터 1㎞이내 문화재 분야를 보면 천안분기 1백68점， 오송분기 2백30점， 대전분기 2백91점으로 발표됐다．
이같은 대한교통학회의 조사결과에 대해 충북도와 시민사회단체는 천안분기 설정을 위해 각종 조사수치를 부풀렸다고 주장하는등 부당성을 제기하고 나섰다．
백제문화권을 관통하는 천안분기가 오히려 오송분기나 대전분기보다 문화재 분포가 적게 나온 점을 이해할수 없다는 것이다．
오송과 천안간 기점역 유치를 놓고 쟁점이 뜨거워지고 있는 가운데 대전시도 뒤늦게 기점역 유치에 합류한뒤 정치적인 논리가 아니라 국민편의성을 고려， 호남고속철도 노선및 정차장부문 용역과정에서 중부권의 중핵도시인 대전을 배제해서는 안된다고 주장하고 있다．
한편 호남고속철도 노선 결정을 놓고 자치단체간 갈등과 대립이 지속되고 있는 가운데 일부 단체장은 지사직을 걸고 기점역 유치에 나서겠다고 밝혀 대전ㆍ충청권 광역행정 공조체제의 붕괴를 우려하는 목소리가 높아지고 있는 실정이다．