영어독해반， 수리탐구반， 논술반등 교과관련 프로그램을 운영할수 있지만 특기ㆍ적성교육 시간을 이용， 교과관련 수업을 실시하는 편법을 막기 위해 고3은 주당 10시간 이내， 고 2학년 이하는 주당 5시간 이내에서 교과내용을 가르치도록 제한했다． 또 부교재를 활용하는 문제풀이식과 교과서를 이용한 예습ㆍ복습도 철저히 금지하고 있으나 사실상 일선 학교마다 학부모가 원해서， 또는 학생들이 원해서 편법적인 자율학습을 실시하고 있다．
교사들도 겉으로만 학생들의 소질과 개성을 개발한다는 명분만 내건 특기ㆍ적성교육이지， 사실상 보충수업이나 다름없다고 인정하고 있으며 일부 교사들은 학교가 입시준비기관으로 전락할 우려가 크다고 반발하고 있다． 청주권 일부 고등학교의 경우 학부모 동의도 없는 자율학습 희망서를 받아 특기ㆍ적성교육을 빙자한 음성적인 보충수업이 전개되고 있어 파문이 일고 있다． 특히 자율학습비 수당을 고지할수 없게 되자 일부는 학부모찬조금 형태로 수당을 걷고 있는 것으로 알려지고 있는 만큼 교육계 모두가 음성적이고 불법적인 보충수업을 차단하기 위한 자구노력이 요구되고 있다．